Sprotasjóður var stofnaður samkvæmt 15. gr. laga nr. 90/2008 um leikskóla, 34. gr. laga nr. 91/2008 um grunnskóla og 53. gr. laga nr. 92/2008 um framhaldsskóla. Sjóðurinn hefur það hlutverk að styðja við þróun og nýjungar í skólastarfi í leik-, grunn- og framhaldsskólum í samræmi við stefnu stjórnvalda og aðalnámskrá viðkomandi skólastiga. RHA - Rannsókna- og þróunarmiðstöð Háskólans á Akureyri sér um umsýslu á sjóðnum fyrir hönd menntamálaráðuneytisins.